阴离子交换柱的清洗方式通用有三种，分别用于清洗酸溶性、碱溶性或有机污染物，在清洗过程中必须要确保严格按照清洗过程进行，否则会引起色谱柱的局部高压而损坏色谱柱。对于有机溶剂清洗色谱柱，需要逐步减少有机溶剂的量以避免由于混合的流动相黏度的变化。
（一）选择合适的清洗溶剂
1、对高价亲水污染物：用1~3mol/l的盐酸做淋洗液；
2、对低价亲水污染物：用10倍的淋洗液；
3、有机污染物：有机污染物会引起色谱柱效降低，可以采用兼容的有机溶剂清洗，有时也可以采用高浓度的盐酸与有机溶剂混合清洗则更有效；
4、对金属污染物：会引起色谱峰不对称性，可采用络合剂酸类，如0.2mol/l草酸；
（二）清洗过程
1、配制500mL合适的清洗溶液；
2、断开抑制器中，分别清洗保护住和分离柱，如果分离柱和保护住串联清洗，则将保护柱接在分离柱之后；
3、设置流速对2mm色谱柱采用0.5ml/min，而对4mm色谱柱采用2ml/min
4、用二次去离子水冲洗色谱柱15min；
5、用清洗液清洗色谱柱60min；
6、用二次去离子水冲洗色谱柱15min；
7、连接抑制器，用淋洗液平衡色谱柱。
如此便完成一整套阴离子交换柱的清洗流程。
值得注明的是：阴离子交换柱的操作压力是不能超过色谱柱说明书中规定的大压力的，否则会造成色谱不可逆损失。阴离子交换柱的启动采用标准淋洗液（一般指等淋洗条件）使淋洗达到平衡后，进行色谱标准阴离子的测试分离度和重视性。
炉子子色谱柱的储放一般情况下，可以采用标准淋洗液作为储备液，长期储备需要将色谱柱两端密封。但对于非抑制型离子色谱柱或早期的抑制型离子色谱柱，由于所有淋洗液比较接近中性，用淋洗液储放易于长霉，因此需要用高PH值的溶液作储备液，或者的淋洗液中加入防霉剂作储备液。
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